菲律宾航空国际航班于6月16日全面转入尼诺·阿基诺国际机场(NAIA)二号航站楼，然而部分旅客对此事仍不知情并错跑到二号航站楼试图值机，导致多名乘客发生误机。一名旅客Angelica Misario表示：“我们来回于两个不同的航站楼，而且航班时间也变得很乱，本来下午一点的航班变成了晚上9点。”菲律宾航空公司取消了周五飞往中国香港的航班，令情况更加混乱。取消不是因为航站楼的重新分配，而是因为飞往中国香港的飞机需要维修。与此同时，其他航班延误和取消是由于飞机数量有限，现在从之前的98架减少到69架。菲律宾航空公司发言人塞罗·维拉卢纳(Cielo Villaluna)表示：“我们在新冠疫情期间，由于大面积的社区封锁以及低客运量，我们不得不归还飞机。现如今，我们正在购买更多的飞机。”与此同时，一号航站楼也为增加的航班增设了30多个出入境柜台和五条安检通道。马尼拉国际机场管理局表示，一号航站楼能够处理菲航国际航班转移后所增加的6000-7000名旅客，使该航站楼每天处理人数增至1.8万人至2万人。马尼拉国际机场管理局(MIAA)负责人布莱恩·许(Bryan Co，译音)表示：“只要有人值班，有设备运行，所有柜台都会开放。我们预计出入境柜台不会大排长龙。即使是一号航站楼最繁忙的时段，它仍然在设计容量范围内。”